网上跨行支付系统是以电子商务的支付环节为支点，将关联交易的供货商、采购方、运输方以及银行联系到一起，为他们提供采购、运输、支付信息的交换的平台，最终实现信息流、物流、资金流的和谐统一，从而形成一个完整的电子商务供应链。由此可见，此系统的好处是前台招商可利用互联网大平台，后台支付结算则完全利用银行间的现有网络和跨行支付系统，做到了企业资金不截留，不搞二次结算。其运行科学、经济、与时俱进。